הבחירה בין קנס מינהלי לבין הגשת כתב אישום בפסיקה נקבע כי בעת שנאשם מבקש לתקוף את שיקול הדעת המנהלי שהופעל בעת קבלת ההחלטה להגיש כנגדו כתב אישום יש לעשות זאת בפני הערכאה הדיונית שבפניה הוגש כתב האישום (בג"צ 9131/05 ניר עם כהן יעקב אגודה שיתופית חקלאית בע"מ נ' מדינת ישראל - משרד התעשיה, המסחר והתעסוקה (6.2.06); בג"צ 5824/12 בן יעקב נ' ועדת הכופר שליד רשות המיסים (13.11.12)). סעיף 15 לחוק העבירות המנהליות תשמ"ו -1985 קובע כדלקמן: "קביעת עבירה כעבירה מנהלית אין בה כדי לגרוע מסמכותו של תובע להגיש בשלה כתב אישום, כאשר הוא סבור שהנסיבות מצדיקות זאת מטעמים שירשמו ובלבד שטרם נמסרה הודעה על הטלת הקנס; סעיף זה אינו גורע מסמכותו של תובע להגיש כתב אישום אם ביקש מקבל ההודעה להישפט על העבירה". בעת שמדובר בעבירות שנקבעו כעבירות מנהליות, דרך המלך היא להטיל בגינן קנס מנהלי בהליך המנהלי ואילו הגשת כתב אישום פלילי היא החריג והיוצא מן הכלל. על התובע קיימת חובה לרשום את הטעמים שבעטיים הוגש כתב האישום וזאת על מנת לאפשר ביקורת שיפוטית על החלטתו. הטעמים אמורים לבטא את הרצינות שמייחס המחוקק להחלטה בהגשת כתב אישום ועל חובתו של תובע לשקול בכובד ראש את החלטתו להגיש כתב אישום, במיוחד לאור הכתם החברתי שנלווה להרשעה בבית משפט. נאשם גם זכאי לעיין בטעמים המיוחדים שירשמו שעל בסיסם הוגש כתב האישום ובכל מקרה אין חובה כי נימוקים אלה ירשמו בגוף כתב האישום. כמו כן, קיימת חובה לפרסם את ההנחיות המינהליות שלפיהן פועלת המאשימה, מתי מוגש כתב אישום ומתי מוטל קנס מינהלי (בג"צ 5537/91 אפרתי נ' אוסטפלד פ"ד מו (3) 501, 509 - 514; בג"צ 2126/99 מתי דה הס נ' עיריית תל אביב יפו ואחרים פ"ד נד 1) 468, 472 - 475). הנחיית היועץ המשפטי לממשלה, שמספרה 4.3041 (60.004), עניינה "נוהל והנחיות להפעלת חוק העבירות המנהליות תשמ"ו - 1985". בסעיף 5.2.6 להנחיות נקבע כדלקמן: "להלן רשימה בלתי ממצה של שיקולים לגבי נסיבות המצדיקות הגשת כתב אישום: הטלת קנס מנהלי על אותו אדם, אין בה משום גורם מרתיע במידה מספקת, כיוון שהוא חוזר ועובר עבירות מנהליות מאותו סוג חרף הקנסות המנהלים המוטלים עליו. אותו אדם לא שילם את הקנסות המנהלים שהוטלו עליו בעבר והיה צורך להפעיל הליכי גביה לגביית הקנסות שהוטלו עליו. נסיבות עבירת העבירה חמורות במיוחד". 16. באוגדן של גיורא עמיר עבירות מס ועבירות הלבנת הון (הוצאת סדן, 2008), בעמ' 102, נאמרו הדברים הבאים: "בהתאם לקווים מנחים אשר פורסמו ע"י רשות המיסים, אלה הנסיבות שבהן יועדף ההליך הפלילי על הטלת קנס מנהלי: א. הקנס המינהל אינו משמש גורם מרתיע והנישום חוזר ומבצע עבירות מינהליות; ב. אזרח ששילם הקנס אך לא הסיר את המחדל וממשיך בסרבנותו; ג. המייצגים כגון עו"ד, רו"ח, יועץ מס, עברו עבירה בתוקף תפקידם כמייצגים; ד. העבירה נפוצה ויש צורך בהרתעה באזור מסוים או בקבוצה מסוימת של נישומים או מייצגים; ה. נישום סרבן בעל עבר פלילי." משפט פליליקנס מנהליקנס