בית המשפט פסק כי ניתן להחיל את חוק נכסי נפקדים על תושבי אזור יהודה ושומרון, אך העניין טעון עיון כל פעם מחדש. בג"ץ הגדיר נפקדות זו כנפקדות טכנית, והועלתה שאלה אם ניתן לייחס לכך משקל בעת שדנים בשחרור נכס מוקנה. בית המשפט פסק כי משקלן של זכויות אדם, לרבות הזכות לקניין והזכות לשוויון, עלה בשיטה הישראלית. "כל הוראת חוק - בין אם דין ישן או דין חדש אשר תוקפה נשמר חרף פגיעתה בזכות אדם המוגנת בחוקי היסוד, צריכה להתפרש ברוח הוראות חוק היסוד וקשה להאמין כי בית משפט ייתן יד לדרך של נטילת זכויות כזו ממי שמצוי בשטח שבשליטת מדינת ישראל (מבלי שמכירים בזהות לאומית אחרת שלו) ביחס לשטח המצוי בתחומי מדינת ישראל. אין מקום להפקעת זכויות כזו ממי שנתון בשליטה ישראלית, גם אם תחת ממשל צבאי, כאשר לא נטען על ידי ישראל כי הוא צריך להימצא או יכול להימצא בשליטה אחרת או כי הוא זכאי להגדרה עצמית בתחומי השטח בו הוא יושב, בין בשל שייכות אותו שטח למדינה אחרת ובין בשל כך שאותו שטח הוא שטח של ריבונות אחרת, אף אם הוא מצוי (זמנית) תחת כיבוש ישראלי. הוראת סעיף 1(ב)(1)(II) של חוק נכסי נפקדים, המתייחסת לבעל החוקי של נכסים הנמצא "בכל חלק של ארץ ישראל שמחוץ לשטח ישראל", אינה חלה על תושב של שטחים הנתונים בפועל לשליטה צבאית של ישראל, להבדיל, למשל, משטחים המצויים בשליטה צבאית של מדינה הנזכרת בסעיף 1(ב)(1)(I). המשמעות היא שמי שהיו אזרחים או נתינים של לבנון, מצרים, סוריה, סעודיה, עבר הירדן, עיראק או תימן יחשבו לנפקדים מכוח מצוותה של פסקה קטנה I. מי שלא היו נתיני מדינות אלה, אך היו מצויים בהן, יחשבו לנפקדים מכוח פסקה קטנה II. גם מי שלא היו מצויים בתחומי מדינות אלה, אלא היו בשטח ארץ ישראל, אך היו נתונים לשליטה צבאית של אחת ממדינות אלה - יחשבו גם הם לנפקדים מכוח פסקה קטנה II. פרשנות זו תומכת בתכלית החוק. הוא מכריז על נכס נפקד אם נכס זה מצוי בבעלות או בחזקת מי שמצוי תחת שליטה של מדינה אחרת ששמה ננקב בחוק. הנפקדות תיווצר בין שאותו אדם הוא נתין או אזרח של אותה מדינה, ובין שהוא מצוי תחת שליטתה בשל כך שהוא "נמצא" בה או נמצא מחוץ לה, בארץ ישראל, אך נתון לשליטה אפקטיבית אחרת של אותה מדינה, כמו שליטה צבאית. גישה זו משלימה את ההוראה המופיעה בפסקה קטנה III, לפיה מי שהיה אזרח ארצישראלי יחשב לנפקד אם עבר למקום בארץ ישראל "שהיה מוחזק אותה שעה בידי כוחות שביקשו למנוע את הקמתה של מדינת ישראל או נלחמו בה לאחר הקמתה". גם אדם כזה, שהיה נתון בשליטה ישראלית יחשב לנפקד, אם עזב את מקומו למקום אחר בארץ ישראל, ובלבד שעזב למקום הנתון לשליטה עויינת כזו. פרשנות זו מתיישבת עם רוח חוקי היסוד, אך היא מתחייבת גם מהגיונו של חוק נכסי נפקדים עצמו. כחוט השני עוברת בו המגמה לתפוס את אותו רכוש של תושבים אשר מצויים תחת שליטה עויינת או שעברו להימצא תחת שליטה כזו. על כן ננקבו שמותיהן של מדינות מסויימות. על כן נאמר בפורש במקום בו לא ננקבו שמות המדינות כי השטח היה חייב להימצא בידי מי שלחם במדינת ישראל. מכאן שאת התיבה המופיעה בפסקה קטנה II "נמצא באחת הארצות האלה" - יש לקרוא כחלה על כל הפסקה, באופן שבעל הנכס נמצא באחת הארצות האלה או בשטח אחר של ארץ ישראל המצוי בשליטתן. פסקה קטנה III "תלכוד" גם אזרח ארצישראלי אשר יצא ממקום מגוריו הרגיל בארץ ישראל לשטח הנתון לשליטה עויינת. לאחר מלחמת ששת הימים, בעת פרסום הצו בדבר הרחבת ירושלים מיום 28.6.67, לא היו שטחים בארץ ישראל שהיו מצויים בשליטה של אחת המדינות הנזכרות בסעיף 1(ב)(1)(II) או בחזקת מדינות שנלחמו בישראל לאחר הקמתה. השטח היה נתון בידי הממשל הצבאי הישראלי, וממילא הוראות חוק נכסי נפקדים היו בלתי אופרטיביות. הערה זו איננה נוגעת לרכוש אחר שנתפס במלחמת השחרור, אליו התייחס במפורש חוק נכסי נפקדים שנחקק בשנת 1950. המציאות העובדתית והצבאית היו אז שונות לגמרי. נכסי נפקדים